Главный корпус включает в себя аквариумы и фондохранилище с экспозицией «Глубина».

В аквариальном зале можно увидеть экспозицию «Мир океана. Прикосновение…» с великолепными морскими аквариумами, уникальными коллекциями раковин морских моллюсков и кораллов. На втором этаже находится Конгресс-холл, который служит для проведения концертов, выставок, конгрессов, конференций и презентаций. Маяк с линзой Френеля и смотровая площадка, откуда открывается вид на набережную исторического флота и кафедральный собор, венчают здание корпуса.

В экспозиции «Глубина» можно познакомиться с коллекциями барометров, измерителей течений, гидрофизических зондов, приборов и оборудования для подводных съемок, изучения глубин и оптических свойств, глубоководной техникой и многим другим. Но главными объектами экспозиции являются глубоководный обитаемый аппарат «Мир-1», а также один из самых больших в мире скелетов кашалота.

В 1991 и 1995 годах с помощью аппаратов «Мир» производились съемки кинофильмов на легендарном затонувшем судне «Титаник», лежащем на глубине 3 800 метров. В процессе погружений обследован корпус «Титаника», который во время аварии развалился на 2 части, проведены уникальные киносъемки. В результате работ были созданы широкоформатный фильм IMAX Titanica и голливудский художественный фильм Titanic (режиссер — Джеймс Кэмерон, 1997 г.).